Elle se compose de 33 paroisses réparties dans les régions de Berne, Bienne, du Seeland, de l'Emmental, de la Haute-Argovie et du pastorale de Berne-Oberland-Jura. En tant que collectivité de droit public de l'Église catholique romaine dans le canton de Berne, l'Église nationale est organisée de manière démocratique. Ses instances suprêmes sont le Parlement de l’Église nationale, qui constitue le pouvoir législatif, et le Conseil de l’Église nationale, qui constitue le pouvoir exécutif.
Elle assure les missions de l’Église au niveau cantonal. Ainsi, depuis 2020, elle est responsable de la gestion du personnel des quelque 100 aumôniers ainsi que des employés du secrétariat général et des services spécialisés. Elle assume également la responsabilité administrative des services spécialisés et des communautés allophones.
Au niveau suisse, elle collabore avec les autres Églises cantonales au sein de la Conférence centrale catholique romaine (RKZ).
Structure duale
Comme dans la plupart des cantons suisses, l’Église du canton de Berne est dotée d’une structure duale. L’Église nationale travaille en étroite collaboration avec la pastorale – à savoir le diocèse de Bâle, les espaces pastoraux et les paroisses – pour les questions financières et structurelles. C’est là que se déroule la vie ecclésiale, avec les offices religieux, l’action diaconale, l’accompagnement spirituel, etc. Au niveau national, les évêchés sont regroupés au sein de la Conférence des évêques suisses (SBK).